La nueva parroquia, creada por Dn Frey Alvaro de Zuñiga en 1511, adquirió pronto una relevancia entre la sociedad local cuyos hidalgos iniciaron un desplazamiento de sus casas principales hacia el nuevo distrito parroquial. Del mismo modo personajes de renombre como el alcazareño Pedro Rodríguez Aguayo, arcediano de la Catedral de Quito, muerto el 19 febrero de 1595 pidió en su testamento, otorgado un mes antes, que se le enterrara en la iglesia parroquial de Santa Quiteria, frente al altar mayor. Allí estaría mientras se construía la capilla funeraria que había ordenado hacer en sus casas de Alcázar bajo la advocación de San José.
Esta primera iglesia, debido al crecimiento de la población, hubo que adaptarla para acoger a los fieles por lo que en 1587 se encargó una nueva obra al maestro de cantería Juan de Oza, continuada luego por Agustín de Leaza y Argüello y en 1593 por Andrés de Astián. Nada más comenzada se suscitaron numerosos pleitos entre los propietarios de las antiguas capillas, el concejo y el prior, al ser necesario demoler algunas de ellas con motivo de la ampliación. Uno de los más significativos fue el litigio entablado por los propietarios de la capilla de los Romeros que se prolongó desde 1601 hasta 1622. Tenemos documentado esta fase de la obra gracias al escrito que hizo en su día Catalina de Elorrriaga, viuda de Agustín de Leaza y Argüello exigiendo el pago de ciertas deudas que el concejo aún le debía en julio de 1603. En la reclamación enumera las obras que habían quedado sin terminar, en parte por el seguimiento de los pleitos, y explica cómo sea de proseguir y acabar el gradamento del altar mayor y puertas de las sacristías y bobedas de las sacristías colaterales…
Además quedaba la conclusión de…la media naranja y bóvedas del cruzero, capilla mayor y nueva de la dicha obra que se habían proyectado de piedra y se debían aligerar y construir de yeso tabicado y doblado y bien estribado y faxeada… y por la misma razón se enmaderó y cerro sin linterna. Y por último…las dos ventanas que están en el Crucero encima de los altares colaterales se an de cerrar de piedra como están los demás entrepaños dexando por la parte de fuera alfeizar libre para que queden con el decoro de ventanas y por la parte de adentro corresponda con las de enfrente un poco forradas… Por este testimonio constatamos lo mucho que faltaba para dar la iglesia por concluida.
Las obras prosiguieron durante el siglo XVII al mismo tiempo que se adecentaba la iglesia con nuevos elementos como esteras, mobiliario y campanas. Las actas municipales de 1689 recogen la existencia de un depósito de 7.500 reales para hacer un retablo en el altar mayor, siendo el depositario de esta cantidad D. Francisco Guerrero Quintanilla (presbítero y comisario del Santo Oficio de Toledo), pasando a manos de D. Juan Hidalgo Saavedra en 1691. Y como la cifra era insuficiente el 1 de junio de ese mismo año el Ayuntamiento aprueba se hagan mandas particulares para recoger cantidad bastante para hacer se execute el retablo…. El dinero recaudado permitió levantar el nuevo retablo del altar mayor en el que estaba trabajando a finales de 1695 Juan Guinda, oficial de ensamblador.
La importancia de la parroquia se acrecienta unos años después con motivo de la concordia entre la dignidad prioral y la arzobispal, confirmada por el Papa Inocencio XII en 1698. La villa alcazareña pasó a ser la sede del Vicario y Juez diocesano, con residencia en esta misma iglesia de Santa Quiteria, mientras que el Vicario y Juez de la Orden de San Juan continuaría en Consuegra. Esta nueva situación fue motivo para que el Ayuntamiento realizara en ella las honras fúnebres a la muerte del rey Carlos II, en noviembre de 1700, levantando un túmulo con 100 velas y 28 blandones y encargando el panegírico a un predicador franciscano.
La pugna entre las dos parroquias sobre la primacía de Santa María o Santa Quiteria había sido motivo de enfrentamientos periódicos entre los priores de las mismas. En 1722 el de Santa María, D. Pedro Ramos Novillo inició un pleito contra el de Santa Quiteria, D. Juan Mayorga Guzmán, poniendo en duda la acepción de esta última como patrona de Alcázar. El litigio que en principio fue seguido por el Juez eclesiástico, pasó por orden real a la Chancillería de Granada donde aún se seguía en el año de 1724. Sin embargo cuando llega el momento de evitar perjuicios a sus beneficios priorales los dos párrocos aúnan voluntades desapareciendo las disputas. En 1732 elevan, D. Pedro Ramos y D. Juan Mayorga, una queja conjunta al Gran Prior contra los dos conventos de religiosos existentes en la villa, franciscanos y trinitarios, porque perciben las limosnas de los novenarios, cabos de año y demás derechos de las personas que se entierran en sus iglesias. En este caso al ser prioritaria la libertad de los fieles para elegir el lugar sagrado de enterramiento se les deniega lo que piden.
Hasta finales del siglo XVIII la mayoría de las obras en la iglesia de Santa Quiteria se dirigieron a contrarrestar los deterioros en las cubiertas ocasionados por la palomina y la basura acumulada en los tejados impidiendo la escorrentía de las aguas de lluvia. Con este motivo y como medida preventiva se dio licencia para matar a las palomas que volaban en el entorno del edificio. Sin embargo la acción provocó mas roturas al subirse algunos vecinos a los tejados de la iglesia para cazarlas y varias quejas de otros en contra de esta práctica, como la de Josef López Guerrero en 1774, quien denunciaba al sacristán mayor de Santa Quiteria, Valentín Ximénez, porque mataba las de sus palomares, con uso de lazos y otros métodos prohibidos.
A esta situación hay que añadir el incendio provocado por un rayo el 1 de octubre de 1785. El fuego se mantuvo desde las ocho de la noche hasta las cinco de la mañana del día siguiente, ardiendo la iglesia y provocando una gran confusión entre las gentes que acudieron a apagarlo. Los testigos de la catástrofe relataban cómo se formó una nube sobre la villa, y cómo cayó un globo de fuego en la capilla mayor. La rapidez de los vecinos para sofocarlo, no impidió que en unos minutos ardieran las armaduras, aunque consiguieron salvar el sacramento y las imágenes que se encontraban dentro del templo.
Los cuantiosos daños ocasionados por el incendio serán motivo para iniciar una nueva etapa de reconstrucción, durante la última década del s. XVIII, en la que fundamentalmente se repondrá la cubierta de la iglesia y se eliminará la sacristía que se encontraba debajo de la capilla mayor construyéndose otra en superficie mediante la incorporación de un terreno por el lado norte de la cabecera. Las obras se harán por el maestro de obras de la Dignidad Prioral, Francisco Sostre, bajo la dirección del arquitecto Juan de Villanueva.