Ya el año pasado en un artículo similar, hablamos del origen de esta parroquia ocurrido a finales de la década de 1470, y aunque la obra se realizó en diferentes etapas, esta primera fue presupuestada en 160.000 maravedíes y treinta y seis fanegas de trigo, recayendo su coste en el vecindario de la villa de Alcázar. El aumento de población y las transformaciones que el Concilio de Trento exigía dejaron pequeña la primitiva iglesia y en 1587 se mandó una nueva edificación de la parroquia al maestro de cantería Juan de Oza, continuada luego por Rodrigo de Argüello y seguida en 1593 por Andrés de Astián. Uno de los pocos documentos encontrados de esta obra dice que el 20 de agosto de 1587, se firmó un contrato entre el concejo de la villa de Alcázar y el maestro Rodrigo de Argüello, en una de cuyas cláusulas, la villa quedaba obligada a pagarle en cada año quinientos ducados, junto con la piedra y demás materiales necesarios para la construcción. Con este acuerdo empieza la segunda fase constructiva de la parroquia de Santa Quiteria que se prolongará durante el siglo XVII y en la que se le añaden, siguiendo la costumbre de la época, capillas de carácter funerario, en casi su totalidad, por parte de algunos particulares.
Según las descripciones del Cardenal Lorenzana (1784), Santa Quiteria era obra admirable aunque con poca luz, orden dórico sumptuoso, con una sola nabe, capaz Yglesia y mui commoda, se acabó anno de 1604. Posiblemente Lorenzana utilizó la información remitida desde la villa de Alcázar en la que se referían casi seguro a la primera fase constructiva; lo que si es cierto, es que estas obras de ampliación de finales del siglo XVI y del siglo XVII, suscitaron numerosos litigios, casi todos ellos de carácter económico entre el Gran Prior y el concejo y entre este último y los propietarios de las antiguas capillas, ya que al ser necesario demoler algunas de ellas, los pleitos se multiplicaron siendo significativo el mantenido por los propietarios de la capilla de la Visitación de Nuestra Señora y Santa Isabel llamada de los Romeros que se prolongó desde 1601 hasta 1622.
Además de la nueva construcción de ampliación, el templo se va adecentando con nuevos elementos como la echura en 1655 de la Campana que se toca abuelo que es la mas pequeña de la iglesia. En 1675 se adquiere un órgano realejo (procedente del Convento de San José) para celebrar las fiestas y para que el culto divino se frequente con mas solenidad. Costó 3.300 reales, de los que 1.300 se pagaron de limosnas que hicieron personas devotas y caritativas. La conservación de las imágenes religiosas, ante la imposibilidad de adquirir otras, exigió ese mismo año restaurar alguna de ellas encargando al maestro Alonso Cotán y a Juan de León hacer unos brazos para un niño de la imagen pequeña de nuestra señora y los dedos de una mano del niño y encarnarlos y dorarlos. Siguiendo las cuentas de Mayordomía de la parroquia, se adquirieron además para Santa Quiteria dos cruces para las pilas del agua bendita, una mesilla para alcanzar al sagrario del altar mayor, un confesionario, unos candeleros de aljófar y dos cuadros que se trajeron desde Toledo. A fines de siglo, las actas municipales de 1689, recogen la existencia de un depósito de 7.500 reales para hacer un retablo en el altar mayor, siendo el depositario de esta cantidad D. Francisco Guerrero Quintanilla (presbítero y comisario del Santo Oficio de Toledo), pasando en 1691 a D. Juan Hidalgo Saavedra dicho depósito. Y como la cifra era insuficiente el 1 de junio de ese mismo año el Ayuntamiento aprueba se hagan mandas particulares para recoger cantidad bastante para hacer se execute el retablo.
Los gastos de mantenimiento de Santa Quiteria en el siglo XVII eran cuantiosos y respondían a problemas relacionados con los existentes en nuestros días. El que aparece de forma frecuente era el ocasionado por las palomas que revoloteaban y anidaban en todos los lugares accesibles del templo causando goteras en el interior y daños en los tejados, por lo que el adobo de las armaduras y reparos de hundimientos era frecuente e incrementaban los desembolsos anuales de la parroquia. Junto con estos reparos, el deterioro del suelo, al estar hecho de adobe, exigía de manera periódica enladrillarlo y allanarlo para subsanar los numerosos barrancos que había en ella. Para mitigar en lo posible los fríos invernales se colocaban, cuando los recursos lo permitían, de manera aleatoria por el templo y la sacristía braseros de carbón mientras que el suelo del coro se cubría con una estera de pleita a modo de aislante.
Para la preparación de la Semana Santa, la parroquia organizaba durante el periodo cuaresmal misiones y sermones vespertinos que bien por los Priores de las dos parroquias o por Frailes dominicos, jesuitas, franciscanos y trinitarios, predicaban con el fin de preparar a los feligreses para el cumplimiento Pascual de la confesión y comunión, al mismo tiempo que enseñaban la doctrina cristiana a los niños y rústicos para corregir y reprehender biçios malos. El concejo se encargaba de obsequiar a los predicadores con un aguinaldo en especie consistente en carneros, gallinas, perdices y perniles de tocino.
La iglesia transformaba su aspecto siguiendo los rituales de la Semana Santa comenzando con la traída de ramas de olivo para la procesión del Domingo de Ramos. El Jueves Santo se convertía en el día grande de la semana con gran presencia de feligreses y de los capitulares del Ayuntamiento designados para ello, que asistían con las varas gruesas de Justicia y se colocaban en lugar preferente sobre una estera en los bancos y escabeles que se traían de las casas consistoriales. Entre los actos religiosos de ese día se realizaba la bendición del óleo y el crisma, traído desde Toledo, para uncir a los enfermos y moribundos durante el año. Y sobre todo se alzaba un monumento a base de madera traída por los parroquianos de sus casas, que se devolvía una vez desmontado aquél. Se construía con riostras, pies derechos y tirantes enteros que se ataban con sogas, bramante, lías y madejas de látigo y se adornaba con relicarios, papeles pintados, telas y varias libras de velas de cera blanca, culminando en un nicho cubierto de lienzo donde se colocaba un arca que contenía el Santísimo Sacramento y una libra de incienso. De manera inmediata el templo cambiaba su colorido habitual al colgarse en las paredes paños negros y cubrirse las imágenes con velos; y el tradicional y alegre repique de campanas para señalar el cambio de horas, se sustituía por el ruido desapacible de la matraca. La visita a los demás monumentos de las iglesias daba por concluido el Jueves Santo y que siguiendo la costumbre la encabezaban los alcaldes y regidores acompañados de muchachos que portaban hachones encendidos.
Con la concordia aprobada entre la dignidad prioral y arzobispal, y confirmada por el Papa Inocencio XII en 1698, la villa alcazareña pasó a ser la sede del Vicario y Juez diocesano, con residencia en esta misma iglesia de Santa Quiteria, mientras que el vicario y juez de la Orden de San Juan continuaría en Consuegra. A este cambio de jurisdicción se le unirá una tercera fase constructiva, que la podemos datar a finales del siglo XVIII y que será motivo de posteriores artículos.